醫學研究部 許家郎副研究員/蔡承峰先生

多功能型定序資料分析平台

CLC-Bio 主要專注在定序或晶片等高通量資料的拼裝整合，並針對不同定序形式，如基因體全定序、外顯子全定序、核醣核酸定序或微生物體學定序，藉由其自動化資料處理程序、使用者友善介面以及資料圖型視覺化等功能，可整合多層級之資訊如單核苷酸多型性 (SNP) 、插入或缺失標記 (INDEL) 、融合基因 (fusion gene) 及選擇性剪接 (alternative splicing) 等於相同基因體軌跡上進行多重比對。此外， CLC-Bio 除提供使用者自行設計專屬的自動化分析流程之功能，亦不定時釋出擴增模組，本期將率先介紹微生物基因體分析模組與單細胞定序分析模組。

自動化資料分析排程系統

基因體軌跡多重資料檢視系統

多樣化資料圖型視覺化

微生物基因體分析模組

微生物總體基因體學 (Metagenomics) 的分析方法有助於使用者研究不同來源的微生物菌相，如來自土壤、海洋或者是人體腸道等生態系統的細菌與病毒群，從而釐清微生物在生態系平衡上所扮演的角色。 CLC 微生物基因體分析模組 (CLC microbial genomic module, CLC-MGM) 除支援短片段讀序的基因體組裝功能，長片段平台之高通量資料亦適用，可用於解析環境中的微生物序列。其提供的多種分析方法，包含物種豐富度分析 (abundance analysis) 、全功能性分析 (functional analysis) 以及微生物分型性分析 (typing) 等，可達成了解環境中菌種豐富度、以生物功能的角度判斷菌相如何影響宿主或環境、流行病學分析與常見致病菌分型等目的。此外 CLC-MGM 同時也支援下載各種參考資料庫或由使用者自行建置資料庫之功能。

多樣微生物體資料視覺化呈現

即時互動式之使用者友善分析介面

單細胞分析模組

單細胞分析模組可匯入高通量定序資料或表現量圖譜，通過定序品質管理、降維與群聚分析、差異表現量分析等功能，經資料視覺化加以呈現，輸出如點圖及熱圖等圖表。此外，單細胞分析模組亦提供自動化分析流程，降低使用者自行分析單細胞定序資料之門檻。

自動化分析流程

單細胞定序品質分析

降維與群聚分析 (如 UMAP 及 t-SNE 等方法)

細胞間差異表現量分析

CLC Genomic Workbench 已於 2022 年 01 月 03 日起上線，歡迎臺大醫院以及臺大醫學院同仁於核心設施暨共用儀器預約系統預約後使用。

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