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共 同 研 究 室 電 子 報 第八十期 AUG.10.2020 |
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新一代RNA原位雜交技術
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高內涵螢光顯微影像系統 (High Content Imaging System) 藉由整合自動化取得多孔盤內細胞螢光影像和影像分析功能,使研究人員可以取得單一細胞多重生化或型態路徑數據,且可同時進行大規模實驗,目前已廣泛地被用在癌症、免疫、心血管和神經研究,提供多重定量資訊,例如細胞型態、 細胞內分子位置、細胞凋亡和細胞骨架排列等等 ,本期電子報以ImageXpress NANO機型為例,分享實際應用成果。下一期電子報主題為「新一代RNA原位雜交(RNA in situ)技術」,敬請期待,並竭誠歡迎您訂閱共同研究室電子報以收取儀器介紹、研究新知、與每月訓練課程資訊,更歡迎您與我們聯絡,給予我們建議與鼓勵。
金萬林企業股份有限公司 崔瑞廷經理 在生醫研究領域,顯微技術一直是不可或缺的重要工具,而現今研究不僅講求顯微影像解析度,更進一步要求能夠量化、具統計意義以及具再現性。ImageXpress系統因此應運而生,提供自動化高品質顯微影像擷取以及量化的研究利器。此系統可自動化拍攝玻片以及6-1536孔盤,拍攝全程使用雷射自動對焦與磁懸浮式載物台進行高精度影像擷取,並可對影像進行各樣定量分析,如: 蛋白質定量、細胞移動軌跡追蹤、apoptosis、co-localization、mitochondria分析……等。本期電子報將以ImageXpress NANO機型為例,列舉實際應用如下: 應用範例: 1.細胞無標記藥物毒性檢測及分析 通過穿透光/相位差影像的方式,檢測細胞增殖、毒性、Clone形成,並可在無標記、完整細胞狀態下提供多參數、即時的資料。
圖1:不須螢光標定的細胞相位差影像及定量分析。右圖以穿透光拍攝之細胞影像;左圖以軟體定義「細胞」及「非細胞」大小後,即可自動計數細胞(綠色)。 2.神經毒性分析 包含神經退化性疾病、神經分化實驗等在內,神經細胞、組織的觀察一直是最主要的實驗之一,而所有藥物在開發中一定需要進行毒性/安全性測試,神經毒性評估即為其中之一。ImageXpress NANO可進行神經細胞拍攝與定量,如圖2所示,神經細胞(iCell® Neurons(Cellular Dynamics International))培養於poly-d-lysine coated 384孔盤(7,500 cell/well)中48小時,再加入藥物測試72小時,最終用4% paraformaldehyde固定,再進行細胞核(如: Hoechst)與神經軸(如: β-tubulin III)螢光標定,即可使用軟體內建Neurite tracing/ outgrowth模組進行神經生長/毒性分析。分析參數包含cell number、outgrowth、branch、process、neuron area……等。圖2中可清楚看到進行Methyl mercury作用後神經軸斷裂/萎縮的情況,亦可進行量化分析(圖3),在一盤的實驗即可完成數十種藥物的多濃度、duplicate測試。相較於傳統顯微鏡使用玻片與人工為主的實驗方法,高內涵螢光顯微系統可提高實驗效率並能進行後續量化分析,讓實驗能更迅速、客觀、準確。
圖2:神經細胞加入Methyl mercury培養72小時後,神經軸明顯斷裂、萎縮。
圖3:神經細胞加入不同藥物刺激後,量化神經軸生長情形。 3.原位細胞週期及凋亡檢測分析 監控細胞週期及凋亡狀態是一個非常重要的指標。與傳統檢測方法(如:流式細胞儀FACS)相比,全自動高內涵影像分析系統可對原位(無需懸浮處理)細胞進行全自動成像,並完成單一細胞的多參數分析。如圖4a,藥物作用後進行細胞核染色(藍色: Hoechst 33342;紅色: Propidium Iodide;綠色: YO-PRO-1),並使用高內涵軟體MetaXpress進行細胞週期與凋亡分析(圖4b)。透過細胞核大小與Hoechst 33342螢光強度,即可定義細胞週期階段(如:G2 phase細胞核大小與G1相當,但螢光強度為2倍)。再用細胞死亡染劑的標定,將死亡細胞核標定出來,即可確定在不同條件下細胞週期變化、細胞死亡比率等參數。
圖4:4a 細胞藥物作用後進行細胞核染色(藍色: Hoechst 33342;紅色: Propidium Iodide;綠色: YO-PRO-1)。4b 以高內涵軟體MetaXpress進行細胞週期與凋亡分析,將細胞核大小、螢光顏色、強度等參數定義後,分別以不同顏色標示所處之細胞週期階段,綠色-S phase、藍色-G2/M phase、淡藍色-G1 phase、紅色-apoptotic cell、橘色-dead cell。 4.Long-term single cell tracking、Wound healing assay 利用ImageXpress Nano系統可進行長時間活細胞培養觀測,適用於如cell migration、wound healing等實驗,更可搭配內建MetaXpress軟體進行多細胞定量分析,計算細胞爬行位置、速率、角度,進而可分析chemotaxis、motility等現象。如圖5,透過每20分鐘拍攝一次、連續11小時,各組別分別計算10顆細胞爬行位置,可看出HopQ轉植的細胞motility下降。
圖5:長時間連續觀察單一EV細胞及HopQ轉植細胞的移動情形。引用文獻: Cell Death Dis. 2020 Apr 14;11(4):231. 5.血管新生(Angiogenesis) 透過抑制腫瘤內血管生成,進而抑制腫瘤細胞生長和轉移是抗癌藥物開發常用的方法之一。血管新生的實驗是以細胞型態影像為基礎,探討不同藥物、基因調控下血管生成的過程。此方法需進行3D拍攝方式、Z軸切層並重組影像獲得血管三維生長的完整資訊,藉以尋找抑制腫瘤生長時血管生長的藥物以及訊息傳遞模式。如圖6,在96孔盤中先加入Matrigel形成半固態的透明膠體培養環境,再加入血管表皮細胞(如:HUVEC)。細胞會在膠體中生長出如網狀的結構,最終使用染劑(如:Calcein AM)將細胞染色後使用高內涵系統進行3D拍攝與Best focus的影像平面化(2D projection),即可計算完整血管生成tube length、tube area 、Number of segments、Number of branch points、Number of nodes等參數。
圖6:以高內涵系統拍攝血管新生情形。以3D拍攝後,利用軟體進行Best focus的影像平面化(2D projection),最後呈現影像如左圖即可呈現tube(白色)及node(綠色)。 6.GPCR(G protein-coupled receptor)活化試驗 GPCR佔蛋白表現基因約4%,包含嗅覺、視覺、味覺與細胞生長、免疫反應等都有相關。了解GPCR活化程度、會引起哪些種類的GPCR活化,一直是藥物開發、代謝機轉研究的課題。ImageXpress NANO可分析包含每個細胞GPCR活化程度,搭配GPCR-GFP fusion protein,更可進行即時藥物作用偵測反應。如圖7,ß2AR expressed U2OS細胞受到不同濃度藥物刺激後,GPCR internalization程度可明顯看出差異,透過軟體定量即可算出各個藥物濃度在不同時間的作用結果。
圖7:ß2AR expressed U2OS細胞受到不同濃度Isoproterenol刺激後,觀察GPCR internalization情形。上圖:以高內涵系統拍攝結果。下圖:利用軟體進行定量分析,將細胞以顏色屏蔽後,可明顯看出GPCR internalization(左下圖-紅色小點、右下圖-白色小點)。 7.腫瘤幹細胞細胞異質性研究 腫瘤幹細胞研究是目前新興的一個研究領域,腫瘤幹細胞對腫瘤的存活、增殖、轉移及復發有著重要作用。從本質上講,腫瘤幹細胞通過自我更新和無限增殖,維持著腫瘤細胞群的生命力;腫瘤幹細胞的運動和遷徙能力又使腫瘤細胞具有轉移的可能性;腫瘤幹細胞可以長時間處於休眠狀態,此時腫瘤細胞對能傷害腫瘤細胞的外界因素較不敏感,因此腫瘤往往在使用一般腫瘤治療方法消滅大部分普通腫瘤細胞後,經過一段時間又再度復發。 ImageXpress NANO系統可以運用96微孔盤,針對不同微環境下腫瘤幹細胞群體細胞的異質性、Clone細胞密度、Clone邊緣細胞群狀態、細胞形態、細胞大小、有絲分裂、凋亡狀態、病毒感染率、胞飲情況、脂滴形成等250個左右的參數進行檢查和定量分析。 8.組織切片掃描 高內涵影像系統也可以針對組織切片,進行高解析度掃描和整體影像拼接,如圖8所示,此為小鼠腎臟切片,影像拍攝完後自動進行拼接,再由紅、綠、藍三色疊圖而成。
圖8:小鼠腎臟切片大範圍掃描及自動拼圖 9.H2AX DNA damage assay 無論癌症、老化皆與DNA和染色體損傷有關,輻射照射、化學藥物等都是造成DNA損傷的因素之一,而γH2AX(Phosphorylation of histone H2AX on serine 139)即為早期辨識DNA雙股螺旋斷裂的標記之一,可透過γH2AX形成的數量來判斷DNA damage程度。ImageXpress NANO可進行高通量DNA damage藥物/抑制劑篩選,搭配免疫螢光染色,即可定義細胞在不同種類、劑量的藥物作用情況。
圖9:a.DNA damage assay γH2AX染色示意圖;b.圖中左側為原始影像(紅色:細胞核、綠色:H2AX染色細胞核),右側為使用ImageXpress NANO計算遮罩圖(橘色為判定為H2AX positive 細胞核),可清楚定義一般細胞以及γH2AX positive細胞並算出DNA damage細胞比例;c.DNA damage細胞比率與藥物濃度關係統計圖。 儀器訓練課程:課程網路報名
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