醫學研究部 核酸定序核心團隊

空間基因表達

擁有複雜結構的組織，難以使用高通量生物資訊同時解析各區域的功能。目前常用的組織分析應用為H&E染色及免疫組織染色，用於了解組織基本架構及蛋白表現，卻受限於結構與某一特殊標的。僅只於這樣的技術無法滿足科學家的野心，接著發展出轉錄組學結合組織結構訊息；近幾年生物學家不斷挑戰將轉錄組與組織訊息結合兩者的優勢: in situ Hybridization、Laser Capture Microdissection、in situ Sequencing等等技術應用，卻仍然受限於偵測基因數量。隨著時間的演進，出現在組織原位構建文庫的想法，透過結合高通量定序與組織結構的分析兩項特點，橫空出世空間轉錄組學技術，藉由空間轉錄組的技術提供了高解析度的空間與基因表現訊息。

空間解決方案 (10X Visium)

Visium使得空間轉錄基因變化變得容易執行，並且可以量化。空間解決方案，將空間轉錄條碼的序列安置在組織玻片上，將經由冷凍包埋切片之組織貼附至專利玻片上 (圖一)，在玻片上直接進行基因庫構建，透過玻片上的數百萬條條碼Oligo與組織mRNA結合，原位上進行反轉錄生成帶有10x空間條碼的cDNA，後續搭配次世代定序儀進行基因庫分析。此高通量基因表達數據，搭配上生物分析軟體比對空間轉錄條碼，便可以獲得基因表達位於組織原始位置。

圖一. 10x Visium 空間轉錄解決方案原理圖

目前已經驗證了許多組織可以使用空間轉錄解決方案進行分析(圖二)，可至下列網頁查詢目前已測試過的物種及組織資訊。

https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/sample-prep/doc/specifications-visium-spatial-gene-expression-optimized-tissues 。

圖二.藉由10x資訊分析軟體進行組織全基因組之偵測

檢體萃取及次世代定序服務

蔡芷季 組長 院內分機65759

吳侑靜 博士 院內分機66680

劉怡里 小姐 院內分機65781

郭俊宏 先生 院內分機63271

陳家怡 小姐 院內分機63270

生物資訊分析服務

許家郎 博士 院內分機65989

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