醫研部核酸定序核心服務團隊

Ingenuity Pathway Analysis ( IPA )生物路徑分析軟體包含可信的資料來源及分析演算法，為目前全球系統生物學與訊息路徑分析領導品牌，不僅廣泛地被許多科研團體採用，在許多學術期刊中也大量地被引用。

在IPA資料庫中，其資訊為每周更新，並在分析結果提供原始文獻出處，且其文獻資訊為博士級人員人工閱讀，從而提供最正確最詳盡的生物學數據分析解決方案。而在實驗結果分析或是分子搜尋上，IPA不僅能演示單一變因實驗之分子調控，也能整合不同細胞層級之分析數據，如RNA-seq、miRNA和SNP之實驗資料、代謝體學分析及蛋白質體學分析等，讓您在完整的生物系統背景下識別新的目標基因或候選生物標記，顯現出“體學數據”之重要性。

*IPA可針對不同實驗數據,進行相對應的分析。   *IPA可將Omic-data不同層級的分析數據整合。

在IPA生物路徑分析軟體當中，其分析功能可分為資訊查詢以及數據分析服務，在查詢的部分，您可以透過IPA收錄的數百萬筆生物資訊，快速尋找您感興趣的基因、疾病及分子調控方式。而在分子數據意義分析上，IPA提供多樣的分析與結果表示方式，包含生物訊息核心分析 (Core Analysis)，使用者可將實驗中的基因體、轉錄體或者蛋白質體資料上傳至IPA，並且透過篩選工具選擇出關注分子，利用IPA尋找相關的生物路徑或者疾病與細胞功能。而比較分析 (Compare Analyses) 可利用Heatmap同時瀏覽多筆資料的，將結果進行全面性的比較。

* Canonical Pathway尋找實驗分子相關調控路徑     *Disease & Functions顯示受調控之下游路徑與疾病

*Regulator effect整合上游調控因子與下游疾病與路徑 *Upstream analysis以z-score判斷上游分子調控情形

IPA的數據分析和解釋建立在QIAGEN知識庫的基礎上，因應日趨複雜的生物作用類型以及更大量的體學數據量分析，可以使用 “IPA進階功能模組”面對下一階段的訊息路徑分析需求，延伸的工具可幫助使用者能更快速且精準的了解疾病、基因和上游監管機構網絡之間的因果聯繫。在IPA現有功能中，可支持磷酸化蛋白分析、代謝體分析、Isoform變異體分析與miRNA分析。而在分析匹配(Analysis Match)功能，使用者可將分析結果與過去的分析資料進行比對，或是與OmicSoft及LINCs資料庫中大量共享數據相互比較，進而建立假說與全新的實驗見解。

* IsoProfiler變異體分析，找出特定Isoform相關疾病        * BioProfiler生物分子特性篩選工具

*磷酸化蛋白分析，以蛋白質活性表示分子調控路徑 * Analysis Match，比對其他實驗數據之相似相異度

目前本院已購入IPA分析軟體，歡迎各位同仁洽詢使用。

使用前需先申請帳號開通，請於醫研部網站填寫IPA帳號開通申請書

https://redcap.ntuh.gov.tw/surveys/?s=3WNE4974XP

檢體萃取及次世代定序服務

蔡芷季 組長 院內分機65759

吳侑靜 博士 院內分機66680

劉怡里 小姐 院內分機65781

郭俊宏 先生 院內分機63271

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許家郎 博士 院內分機65989

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