醫學研究部共同研究室

本期電子報主要針對定序核心服務中自動化樣本純化儀進行介紹，定序核心去年購入磁珠 (MagCore)及管柱(QIAcube)兩類型自動化核酸萃取設備，提供快速及方便的樣品核酸純化服務，歡迎洽詢使用。下期電子報將介紹可進行長片段定序的第三代DNA定序儀Nanopore，敬請期待，並竭誠歡迎您訂閱共同研究室電子報以收取儀器介紹、研究新知、與每月訓練課程資訊，更歡迎您與我們聯絡，給予我們建議與鼓勵。

細胞治療中心因添購大型儀器需進行局部細部整修，於9月28日起至11月30日止潔淨空間使用暫停營運，品管檢測及儀器借用未受影響，持續提供服務。「臺大醫學校區學術演講及研討會公告平台」提供各單位舉辦之演講及研討會公告園地，歡迎同仁查詢使用，並踴躍申請帳號發佈訊息。希望我們所提供的設備對您的研究有所助益，服務品質也令您滿意，為了共研長期的經營運作，請您於發表文章時惠予致謝共同研究室，作為服務成效評鑑之用。

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蔡芷季組長、吳侑靜博士後研究員/醫學研究部

取得高品質的核酸(尤其是RNA)在NGS中是非常重要的，核酸的品質會影響後續定序分析的準確度，若核酸品質不佳，結果的可信度會令人存疑。何謂高品質的核酸呢? 可分為兩個部分做檢測:

[1] 核酸之吸光值分析純度

不同的物質擁有不同的吸光光譜 (下表)，核酸主要的吸光波峰在260 nm，我們可以藉由光譜曲線的分布推斷核酸是否被汙染以及可能是被何種物質汙染。

波長 (nm)	主要偵測物質
260	RNA,ssDNA, dsDNA, guanidine isothiocyabate (for RNA isolation)
280	Protein, phenol, other contamination
230	EtOH, EDTA, carbohydrates, phenol, Guanidone HCL (for DNA isolation)
270	Phenolic solution (TRIzol for RNA isolation)

核酸的純度主要是觀察260/280 及260/230 ratio，參考數值如下表:

核酸	260/280	260/230	260/270
DNA	~1.8	>1.8	>1.2
RNA	~2.0 (1.9-2.1)	>1.8	>1.2

造成260/280 ratio改變的因素

a) pH值:酸性溶液會讓260/280的數值低於0.2-0.3，因此假使必須使用偏酸的溶劑做核酸回溶，建議可以高倍稀釋再做測量；

b) 核酸組成造成DNA跟RNA標準的差異:下表為5種核酸的260/280 ratio，可知RNA之Uracil相較DNA之Thymine 具較高260/280 ratio，因此RNA之260/280 ratio要求較DNA高。

核酸	260/280 ratio
Guanine	1.15
Adenine	4.50
Cytosine	1.51
Uracil	4.00
Thymine	1.47

[2] 片段分析核酸的完整度:

可以利用傳統電泳、Bioanalyzer或Qsep做片段分析，由於傳統電泳對評估核酸品質的需求量較高(1.5 ug)，許多珍貴的樣本無法萃取出足量的核酸，因此可以選擇對核酸需求量較低 (>25ng) 的微流晶片技術之Bioanalyzer或毛細管電泳之Qsep，而本核心所使用儀器為Qsep 100提供使用者做片段分析。

高品質的DNA有以下幾個特點:

Molecular weight >23Kb
訊號集中且沒有明顯的拖曳現象
沒有雜訊存在於loading well中(雜質)
100-250bp間沒有明顯的訊號 (RNA contamination)

高品質的RNA有以下幾個特點:

出現清晰之28S及18S (真核生物)，會因為萃取方式不同，有時會出現5S rRNA；
28S/18S 亮度比值應接近兩倍；
無RNA降解情況: 假如RNA因RNase分解或其他因素產生降解，則會出現模糊訊號以及28S/18S ratio過低的情況。

醫研部定序核心去年購入兩台核酸自動化萃取儀MagCore及QIAcube，提供DNA及RNA萃取服務，除了能提升萃取的品質及效率，更能降低人為操作可能產生的錯誤。目前核心提供的純化試劑有MagCore genomic DNA whole blood kit (MGB400-03)、MagCore genomic DNA tissue kit (MGT-01), MagCore FFPE DNA kit (MGF-01), QIAamp DNA mini kit及QIAgen RNeasy mini kit，可萃取多種來源的樣本，例如血液、組織、細胞、FFPE。如果需特殊樣本萃取，歡迎同仁自備試劑，由我們提供前處理及上機萃取的服務。

以下為兩台核酸自動化萃取儀的介紹:

QIAcube 自動化樣本純化儀

QIAcube 內建離心機將離心管柱純化進行自動化操作，一次可以操作1-12個樣品。QIAGEN手工試劑皆可在QIAcube上進行自動化，不需要買自動化專用的純化試劑。純化過程包含Lysis、離心清洗、離心管柱轉移、Elution，提供標準化、自動化步驟可以避免人為誤差。超過120種ready-to-use standard protocols可以使用，相關網站連結:

https://www.qiagen.com/us/shop/automated-solutions/sample-preparation/qiacube/#productdetails

MagCore HF16自動化核酸萃取儀

本儀器為自動化磁珠式核酸萃取系統，一次可操作1-16個樣本，適用於全血、血清、血漿、體液、細菌、動植物組織及培養細胞等不同類型的樣品，做核酸分離萃取。按鍵式操作設定，只要輸入萃取模式代號即可完成設定，獨立機械手臂、密封試劑條設計及內建紫外線殺菌系統可有效減少交叉汙染的可能性，每次核酸萃取時間最快可於30分鐘內完成。本儀器開放給user自行操作使用，歡迎洽詢。相關網站連結:

https://www.rbcbioscience.com/#products/?195,479

有興趣使用的同仁，非常歡迎與我們聯絡討論!!

核酸定序核心尚有其他NGS相關服務，包含樣本核酸萃取、基因庫製備及定序、大數據生資分析及Sanger定序，歡迎大家來洽詢使用，諮詢實驗設計免費喔~!

Facebook專頁: https://www.facebook.com/ngs.ntuh

檢體萃取及次世代定序服務

蔡芷季組長院內分機65759

吳侑靜博士院內分機66680

劉怡里小姐院內分機65781

郭俊宏先生院內分機63271

陳家怡小姐院內分機63270

生物資訊分析服務

許家郎博士院內分機65989　

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共同研究室貴重儀器訓練課程　

儀器訓練課程:課程網路報名

	09月10日	多功能ELISA分析儀應用與操作說明(螢光/冷光/可見光)
	09月19日	活體動物及離體自由基測定儀之原理、應用與實機操作
	09月20日	冷光影像分析系統(GE LAS4000)實機訓練

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為持續提供優質之研究服務，便於日後聘用專職技術人員、購置新儀器、現有儀器汰舊換新與維護保養等等，敬請於使用共同研究室資源並發表論文時，於論文致謝（Acknowledgement）處加入致謝共同研究室之文句，並於論文發表時通知共同研究室管理人員。致謝文句請依實際使用情形書寫，或請參考以下範例：We thank the staff of the Core Labs, Department of Medical Research, National Taiwan University Hospital for technical support.
　