醫學研究部(Department
of Medical Research) |
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共 同 研 究 室 電 子 報 第五十一期 MAR.10.2018 |
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以人類誘導式多潛能幹細胞建立3D疾病模式
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新學期開跑了,實驗是否做到有些迷失方向感? 您的心聲我們聽到了,去年台大醫院成立核酸定序核心,歡迎同仁利用次世代定序開啟嶄新的研究領域。本期電子期刊將著重於介紹次世代定序DNA及RNA檢體的片段化處理 – Covaris聲能聚焦技術之運用,下一期電子報將介紹以人類誘導式多潛能幹細胞(induced pluripotent stem cells, iPSC)建立3D疾病模式,敬請期待,並竭誠歡迎您訂閱共同研究室電子報以收取儀器介紹、研究新知、與每月訓練課程資訊,更歡迎您與我們聯絡,給予我們建議與鼓勵。
共同研究室流式細胞分選儀的服務自3月1日起重新開放囉~歡迎有sorting需求同仁直接於預約系統進行線上預約,我們希望可以提供給每位使用者最符合研究需求的sorting條件,如對實驗設計或流程有任何不清楚的部分也歡迎來電洽詢(分機:65726),歡迎舊雨新知踴躍使用。「臺大醫學校區學術演講及研討會公告平台」提供各單位舉辦之演講及
研討會公告園地,歡迎同仁查詢使用,並踴躍申請帳號發佈訊息。希望我們所提供的設備對您的研究有所助益,服務品質也令您滿意,為了共研長期的經營運作,請您於發表文章時惠予致謝共同研究室,作為服務成效評鑑之用。 醫學研究部 吳侑靜博士/陳家怡研究助理
在生命科學領域的研究過程中,樣品前處理通常是關鍵的一步。為了獲得適當大小的核酸、蛋白質分子以供後續實驗使用,研究者通常需對樣品進行均質化或片斷化。然而利用傳統的探針式超音波破碎法,其高產熱對樣品的損害較大,直接接觸樣品也可能產生交叉污染,對實驗結果的穩定性及再現性較差,而Covaris超音波震裂機可適時解決以上問題。利用專利的聲能聚焦技術 (Adaptive Focused Acoustics, AFA),在恆溫下對核酸進行片斷化或組織均質化,可確保樣品完整性;透過非接觸且能量可控制的圓盤狀傳感器將聲波聚焦在樣品上,有效地將樣品裁切成精確的片段大小,獲得高再現性的結果。本產品適用於 NGS 的核酸片段化、FFPE 或全血樣品的 DNA 萃取、蛋白質生物標記的萃取等各種應用。核酸定序核心目前設置的 M220 可處理體積 130ul 的核酸樣品,提供 150bp 至 3kb 不同長度核酸片斷化的標準設定。
針對NGS快速地發展, 核酸片斷化為定序過程中決定性的第一個步驟。目前雖然有許多核酸片斷化的方法, 但是機械式的片斷化仍是提供高敏感以及無實驗偏差的最佳方法。Covaris的AFA過程是在等溫的條件下進行,可確保核酸樣品的完整,另外配合特別研發的AFA Tubes,可正確精準地將DNA及RNA片斷化至150~1500bp (microTUBE),或2-5kb (miniTUBE); AFA超音波粉碎儀針對不同功能需求設計多款機型,包含小型的M-Series、全功率的S-Series以及單管設計等。針對較大片斷DNA定序的應用,Covaris也研發具專利的gTUBE, 可選擇DNA片斷化的範圍從6kb~20kb,簡單的配合桌上型離心機, 即可有效地利用離心所產生的剪力達到DNA片斷化。
本核心設置的機型為M220,提供微量樣品處理,可處理體積 130ul的核酸樣品,其特點如下:
以上資料感謝均泰生物科技公司提供,更多關於 M220之資訊請參考 Covaris官網連結: http://www.gtbiotech.com.tw/products/DNA_RNA_Shearing.asp 有興趣使用的同仁,非常歡迎與我們聯絡討論!! 核酸定序核心尚有其他NGS相關服務,包含樣本核酸萃取、基因庫製備及定序、大數據生資分析及Sanger定序,歡迎大家來洽詢使用,諮詢實驗設計免費喔~! 相關資訊網站: https://www.ntuh.gov.tw/LARD/internal/_layouts/15/start.aspx#/lab/NGS.aspx Facebook專頁: https://www.facebook.com/ngs.ntuh 聯絡資訊: 檢體萃取及次世代定序服務
蔡芷季
組長
院內分機65759 生物資訊分析服務
許家郎
博士
院內分機65989 儀器訓練課程:課程網路報名
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為持續提供優質之研究服務,便於日後聘用專職技術人員、購置新儀器、現有儀器汰舊換新與維護保養等等,敬請於使用共同研究室資源並發表論文時,於論文致謝(Acknowledgement)處加入致謝共同研究室之文句,並於論文發表時通知共同研究室管理人員。致謝文句請依實際使用情形書寫,或請參考以下範例:We
thank the staff of the Core Labs, Department of Medical Research, National
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第五十一期 MAR.10.2018 |