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第二十七期 MAR.10.2016

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主編的話

核心研究服務公告

顯微影像專業軟體MetaMorph

共同研究室貴重儀器訓練暨新知課程

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細胞週期分析(二)
  

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主編的話

受惠於電子數位科技的進化,數位相機已普遍應用於顯微影像的拍攝上,這樣的轉變使得影像不再僅僅只是影像,而是種富含大量訊息的圖像資料,而要如何解碼數位影像所蘊含的訊息,此時就需要影像分析軟體。本期電子報將為大家介紹一套專業顯微影像應用分析軟體— MetaMorph ,接下來就讓我們看看它能解析出哪些"達文西密碼"吧!

下期共同研究室電子報將承續第二十四期的專題,對細胞週期分析再做更進一步的說明,有興趣的同仁敬請密切注意!並竭誠歡迎您訂閱共同研究室電子報,以收取儀器介紹、研究新知、與每月訓練課程資訊。同仁對於共同研究室如有其他新的研究服務需求更歡迎您與我們聯絡,給予我們建議與鼓勵。


核心研究服務公告

第二共同研究室顯微鏡室將於105328日至10541日舉辦倒立螢光顯微鏡實機操作課程,該影像系統由MetaMorph軟體控制,為全自動化影像系統,除一般常用的多波長影像擷取外,還可進行長時間活細胞曠時攝影及大面積影像掃描拼圖,歡迎大家踴躍報名參加!另預計將於四月上旬舉辦MetaMorph應用軟體講座,相關訊息將公布於醫研部網站及臺大醫學校區學術演講及研討會公告平台如有相關問題,可洽詢第二共同研究室顯微鏡室孫芸鈺小姐,分機:63206另本月份臺大醫學校區學術演講及研討會公告平台尚公告多場精彩演講及課程,歡迎同仁查詢利用,並踴躍申請帳號發佈訊息。希望我們所提供的設備對您的研究有所助益,服務品質也令您滿意,為了共研長期的經營運作,請您於發表文章時惠予致謝共同研究室,作為服務成效評鑑之用。
 
                                        
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顯微影像專業軟體-MetaMorph介紹                    

美嘉儀器股份有限公司 林慧姍專員

、前言

MetaMorph 是一套可以控制影像系統硬體進行影像擷取,並能對影像結果進行分析的應用軟體。MetaMorph能控制多種廠牌規格的影像系統硬體,例如:LeicaOlympusNikonZeissPhotometricsAndor等。軟體支援多種影像檔案格式,其中包含常見的TiffJPGBMP等,亦可直接讀取LeicaZeissNikonOlympus等廠牌軟體所拍攝的原始檔案格式,具使用上的便利性

二、功能概說

MetaMorph 最主要具有四大項功能:

1.自動化控制:

MetaMorph可以驅動大部分的硬體,其中包含顯微鏡系統、CCD相機、各類光源、電控XY載物台、電控Z軸甚至共軛焦影像系統等。

2.影像擷取:

MetaMotph可以控制各式相機執行影像擷取,可進行單一平面影像擷取(XY)、時間序列影像擷取(XYT)、多波長影像擷取(XYλ),若搭配電控硬體設備更可進行多層Z軸影像擷取(XYZ)、多位置影像擷取(XYP)、多維合併序列影像擷取(XYZλPT)以及大範圍拼圖(Scan Slide)等模式,以因應多種實驗需求。

3.圖像加強與修飾:

MetaMorph提供多種圖像加強與修飾的功能,能將影像以多樣方式呈現,進而能突顯目標觀察物。常用功能包含:
-- Adjust Digital Contrast
:可調整影像亮度、對比、套色以及Gamma值。
-- Overlay Images:最多可將7個不同顏色影像重疊在一起,獲得多色的單張影像,並可以針對各顏色圖層調整疊圖完成後的亮度。
-- Color Separate:可將彩色影像進行顏色分層,分離出三原色(紅綠藍)的三張單色影像,影像以強度方式呈現。
-- 可於影像上加上尺規 (Scale Bar)、箭號、拍攝時間、影像名稱以及欲標示的文字。

-- 能將序列擷取的影像(XYZXYT)製作成電影動態檔,檔案格式為Quick TimeAVI
-- Arithmetic:就單一影像或影像與影像間進行強度的加、減、乘、除運算,分析兩張影像的交集、聯集,另可將影像灰階程度進行 181624 Bit Depth 的檔案轉換。
-- 可執行背景亮度扣除(Background Subtraction),影像暗角校正(Shading Correction)
-- 能開啟4D圖檔,以立體方式呈現XYZT影像。

-- 具有多項基本濾鏡(Basic Filters)以及形態濾鏡(Morphology Filters),能夠消除不必要的雜訊,減低背景亮度不均勻程度,提高每一物件的特殊細節,增加物件被辨識的程度。

 
細胞生長密集無法區分成單一細胞進行分析

 
經過不同濾鏡處理後則可區分成一顆顆細胞進行分析

4.影像分析功能:

MetaMorph針對螢光影像提供多種分析方法,量測區域的圈選與量測,除手動操作外,亦能以影像強度篩選方式進行自動量測。此軟體針對常見的實驗類型設計出相應分析應用模組(Application Modules),例如:血管新生(Angiogenesis)、神經生長(Neurite Outgrowth)、細胞多核小核分析(Micronuclei)、蛋白質小點分析(Granularity)、多波長細胞分類計數(Multi Wavelength Cell Scoring)、螢光重疊程度分析(Colocalization)…等等。這些應用模組內都含有一套適應性背景校正系統(Adaptive Background Correction System),此系統為MetaMorph專利,能屏除因為硬體因素所造成影像背景亮度不均勻的問題,能更準確進行影像分析。

以下就常用分析功能進行簡單介紹
:
-- Region Measurement
:使用圈選工具手動圈選一至數個以上量測區域進行分析,可分析的項目包含面積大小、平均強度、全部強度、最大最小強度和長度等等。
-- Line Scan:於影像上欲量測處拉一條線,則可以顯示此條線上每一個像素(Pixel)的強度,量測結果可以圖表呈現。

 

-- Integrated Morphometry Analysis:利用設定亮度範圍的方式自動圈選量測區域以進行量測。可量測項目除一般的強度及面積外,還可量測位置、形狀、長寬、半徑、周長、光學密度等。欲量測項目可設定要納入分析的條件門檻(Threshold),用以更精準選出要量測的區域。

-- Track Objects:能追蹤目標物移動的軌跡、距離、速度等。

-- Neurite Outgrowth:用來描繪神經生長的情形與量測分支數量與長度,應用在中樞神經系統疾病、中風、帕金森氏症等研究。

-- Angiogenesis:主要量測與描繪血管新生情形,分析血管過度生長或生長不足的分析模組。應用在癌症、糖尿病視網膜病變等。

-- Multi-Wavelength Cell Scoring:量測染有多種不同波長螢光染劑的細胞,最多可分析七種不同波長的螢光染劑。可針對不同研究設定波長與名稱,每一個波長都可獨立進行預視,分析結果針對每一細胞與每一波長,利用互動式的圖形來連結每一個獨立波長與所有波長之間的關係。

以上為MetaMorph的基本介紹,若使用者有特殊的應用分析需求,可洽詢第二共同研究室顯微鏡室孫芸鈺小姐(分機63206)或軟體應用工程師提供協助。


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共同研究室貴重儀器訓練暨新知課程 

儀器訓練課程:課程網路報名

  03月22日 螢冷光影像分析系統實機操作訓練課程(UVP BioSpectrum® 810 Imaging System)
  03月23日
64多頻道細胞外電生理紀錄系統之原理、應用與實機操作
  03月24日 冷凍切片機之原理與實機操作(Leica CM1860UV) 
  03月28日~
04月01日
電動倒立螢光顯微鏡實機操作訓練課程
  04月06日 MetaMorph 影像擷取與分析功能介紹

新知課程:課程網路報名

  03月24日
Measuring Oxygen in Physiological Experiments with Cell and Tissue Models
  03月29日 CRISPR-Cas9 Genome Editing新知課程
  03月30日 顯微鏡於細胞培養暨臨床研究新應用之介紹

 

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