醫學研究部(Department
of Medical Research) |
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共 同 研 究 室 電 子 報 第二十一期 SEP.10.2015 |
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臨床統計應用簡介
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炎熱的暑日過去,時序進入白露,秋天是豐收的季節。實驗室裡使用流式細胞儀得到的大量數據,要如何快速分析得到實驗結果呢?科學期刊上讓人一目了然的流式細胞儀分析圖,是如何做出來的呢?本期電子報介紹「流式細胞儀高階分析軟體FlowJo」,其功能完整但是操作方式卻直覺簡單,可批次處理,做出各種2D、3D分析圖,亦可進行疊圖,甚至自動計算螢光補償,是研究者進行流式細胞數據分析時的利器。 下期電子報將由醫學研究部張晉豪博士主筆,延續第十六期的臨床統計應用簡介,介紹更多臨床上常用的統計方法,請同仁密切注意。並竭誠歡迎您訂閱共同研究室電子報以收取儀器介紹、研究新知、與每月訓練課程資訊。更歡迎您與我們聯絡,給予我們建議與鼓勵。 感謝共同研究室使用者的長期支持,我們一直致力於提供更優質的設施與服務。為服務同仁,目前已於第二、第三、與第八共同研究室安裝FlowJo軟體,歡迎多加使用,並參加10月6日舉辦之軟體課程,以進一步了解軟體操作方式,並與技術專員面對面討論流式細胞數據分析方法。另本月份「臺大醫學校區學術演講及研討會公告平台」尚公告多場精彩演講及課程,歡迎同仁查詢利用,並踴躍申請帳號發佈訊息。 共同研究室儀器網路預約系統已升級上線,包含流式細胞分析暨分選核心服務(FACS Core)及流式細胞分析儀(BD LSRII)自行操作部份,可全天候二十四小時開放。不分院內外,預約e指通,歡迎同仁多加使用。共研其他儀器設施預約系統亦正陸續建置中,感謝您的耐心等待。 另醫學研究部現正規劃次世代定序服務(Next Generation Sequencing, NGS),期能對同仁的研究工作有所助益。本服務初期先使用現成的疾病套組定序,借用校總區TechComm的MiSeq上機,有興趣的同仁請與蔡芷季組長(分機65759)或劉怡里小姐(分機65781)聯絡,目前使用者僅需負擔試劑耗材與TechComm上機的費用。
希望共研所提供的設備對您的研究工作有所助益,我們的服務品質也能令您滿意,為了共研長期的經營運作,請您於發表文章時惠予致謝共同研究室,作為服務成效評鑑之用。 均泰生物科技有限公司 蔣明涵專員 一、軟體背景 FlowJo是美國史丹佛大學Leonard Herzenberg (FACS儀器發明者)實驗室在1997年所研發出的一套流式細胞數據分析軟體,其簡單直覺的操作方式和完整的功能在過去二十年裡一直是流式數據分析領域中的佼佼者。FlowJo可以分析任何流式細胞儀產生的數據,同時支援Windows與Mac操作系统,在全世界的研究室中已被廣泛使用,是套影響力高且廣為科研期刊引用的流式細胞數據分析軟體。 二、功能簡介 1 .圖形化操作介面 FlowJo在V10版本中大量引入了圖形化的操作介面,讓使用者能夠透過辨認圖示而快速上手操作介面,無須在一堆英文字間苦苦尋找對應功能。另一方面使用者也能自訂功能表列,使得FlowJo的操作介面更加具有現代感及人性化。
2. 階層式圈選Hierarchical gating FlowJo以獨特的階層式Gating取代傳統邏輯複雜的圈選設置,將不同細胞群之間的邏輯關係用簡單的遞進階層方式呈現,可以自訂細胞群名稱、直觀顯示細胞群統計值,讓數據分析一目了然,簡單清晰。
3. 多種數據呈現方式Data Display Types 3.1 多維呈現方式Muti-dimensional Display FlowJo 提供靈活的數據呈現方式,可以呈現一維直方圖、傳統二維圖形、及動態立體的三維圖形,從多個角度和空間對數據進行 360 度的静態及動態的解析。
一維直方圖 二維參數圖 三維立體圖 3.2 二維多重呈現Multi-display Types
在二維圖形的呈現中,FlowJo提供多種圖形,包含散點圖、密度圖、等高圖、偽色圖、斑馬圖等,滿足不同的分析需求,同時確保圖像的美觀與科學嚴謹的需求。 4. 多種Gating工具 Gating是流式細胞數據分析中界定細胞目標群的必要過程,不論欲檢測的目標細胞群是否規則分佈,機率是高是低,FlowJo提供了多種gating工具讓使用者方便的界定各種細胞群。
5. 批次分析Batch Process FlowJo的批次處理功能,能簡單的複製Gating、統計、圖形等套用至其他樣品,使得流式細胞數據分析變得更加快速而簡單,避免多花費時間重複對每個樣品進行相同的分析,並確保數據分析的一致性及靈活性,同時也提高分析效率並且得到完美的分析结果。 5.1 批次圈選 Batch Gates 將單一樣品的gating分析,批次套用到其他樣品上,整個過程只需拖動滑鼠就可完成,非常簡單。
5.2 圖形批次處理Layout Batch Process 圖形處理也可以用批次分析的方法,將一個樣品的分析應用到其他的樣品上。Histogram分析的操作方式非常直覺,把兩個以上的樣品拉在一起即可完成疊圖。設定好control,也可批次輸出所有樣品和control的個別比較圖,使圖形分析變得輕鬆簡單。
6. 多種分析平台及工具 FlowJo 包含了多個特殊的分析平台來滿足細胞週期(Cell Cycle)、細胞增生(Cell Proliferation)、動力學(Kinetics,鈣離子流動)等分析。這些平台採用已發表的模式演算法原理,精確的模擬數據分布。
細胞週期 細胞增生 鈣離子分析 7. 螢光補償 Compensation 螢光補償是流式分析裡面很重要的概念,軟體補償一改過去在機器上手動調節補償的冗長複雜過程,只需準備和樣品相對應的單染control組,即可簡單的完成螢光補償。FlowJo的螢光補償是將單染組別分別設定好positive和negative gates後,軟體自動計算為補償矩陣再套用至對應樣品組別之中,操作簡單並有效避免傳統手動調整的誤差。
8. 靈活的數據輸出 FlowJo數據輸出非常輕鬆方便。不管是圖形資料還是數據表格,都可以輕易的輸出成各種格式用來做數據的發表和整理。統計數據方面提供Text, CSV, Excel, HTML, SQL, XML等格式,各種統計軟體皆適用。圖片方面提供PNG, JPG, GIF, EMF, PDF, SVG, TIFF等格式,高解析度建議選擇TIFF格式輸出。 9. 存檔 FlowJo有三種主要的存檔格式: WSP格式可儲存workspace,包含所有分析及圖表。ACS格式除了所有分析外,還包含原始FCS檔案,為了避免檔案路徑或原始檔遺失,建議將FlowJo所有的分析檔案都儲存為此格式。WSPT格式會將目前所有分析儲存起來,但不會存取原始FCS檔案,因此可作為模板套用至相同的實驗上,省去相同實驗重複分析的時間。 儀器訓練課程:課程網路報名
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第二十一期 SEP.10.2015 |