世基生物醫學公司 

Xenium是個針對標靶基因進行高複合原位空間分析的高通量平台。可在同一組織切片中對10至1000個RNA和蛋白質，以細胞內解析度進行表現量分析和繪製原位空間基因表現圖譜，使研究人員們能夠對固定在Xenium玻片上的新鮮冷凍(Fresh Frozen)和石蠟包埋(FFPE)保存的樣本進行基因表現量的分析和數據視覺化 (圖1)。Xenium平台也包括Xenium Analyzer，是一種用於高通量分析的多功能儀器，具有處理影像數據、RNA和蛋白質訊號定位和執行二級分析的功能。Xenium原位空間基因表達解決方案為癌症、神經科學、發育生物學等領域研究提供RNA和蛋白質細胞內解析度有更深度的探討。

圖1

Xenium分析的第一步是將光學識別標誌解碼為轉錄體，由和螢光寡核苷酸雜交的擴增產物組成成像的循環(圖1)。在連續的循環中使得圖像能夠解碼，並確定螢光寡核苷酸在整個組織中轉錄體的空間位置。Xenium分析的下一步是細胞分割，其利用深度學習方法進行核的區分，然後進行擴展以推斷完整的細胞邊界(圖2)。分析工作流程的最後一步是將轉錄體分配給細胞並進行分群、降維和基因差異表達的二級分析。

圖2

應用

Xenium 原位基因空間表達平台是一個完整的端到端解決方案，使研究人員能夠對固定在 Xenium 載玻片上FF和FFPE保存的組織切片中的基因和蛋白質表達進行數據視覺化、量化和分析，亦能夠透過細胞內解析層級的高複合RNA和多種蛋白質的偵測來加深對健康和疾病組織的了解。

圖3.為應用於FFPE保存的人類侵襲性乳癌的轉錄體空間圖，透過DPAI染色界定細胞核邊界，並藉由擴大細胞核邊緣來估計細胞邊界，RNA轉錄體被分到特定細胞，並產生基因細胞矩陣。根據每個細胞的RNA含量和組成基因面板的標記基因，產生不同的細胞分群類型。例如FASN用於識別侵襲性腫瘤細胞，POSTN用於識別基質細胞。細胞根據其指定的細胞類型上色，從而產生藉由細胞類型識別的細胞空間圖及其對應的轉錄體。

圖3

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