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傳統上,組織中的粒線體呼吸測量是將粒線體分離後進行評估,該技術有許多缺點,包括粒線體網絡的物理性破壞以及粒線體在缺乏天然細胞內環境的情況下測定活性。Seahorse XF 偵測技術提供獨家組織專用的測量微孔盤,實現評估完整組織中的能量代謝。本期電子報介紹利用Seahorse XFe24 Analyzer 評估組織樣本及斑馬魚胚胎中的粒線體功能。下一期電子報將介紹「Xenium原位空間基因表現分析平台之介紹與應用」,敬請期待,並竭誠歡迎您訂閱共同研究室電子報收取儀器介紹、研究新知、與每月訓練課程資訊,更歡迎您與我們聯絡,給予我們建議與鼓勵。


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海馬儀--活體組織與斑馬魚樣本應用

進階生物科技公司 周家豪經理  

能量代謝為構築生命的主要基礎,生物學的能量是ATP,其來源有二;一為粒線體氧化磷酸化反應、一為糖解作用,兩者各司其職兩相互補。許多研究人員積極的將現有研究與能量代謝做結合。目前已發表文獻已超過14,000篇;大部分研究都是建立在細胞平台基礎之上,其實實驗室若是以動物實驗為主,也可直接使用組織樣本進行測量,其生理意義甚至比細胞樣本更貼近真實的狀況。

組織樣本的偵測須使用特殊的耗材 ”XF24 islet fluxpaks” (XFe24 only),此耗材將樣本偵測的微室加大,放入組織樣本後蓋上篩網即可進行偵測。樣本準備的基礎是在組織健康良好的基礎下快速微小化,因此建議當天製備當天偵測;若實驗室老鼠規模以百計,建議選擇數隻代表性樣本進行偵測較適當。至於需要放入多少樣本,不同的組織都不一樣,建議實際上機測試以進行優化,並於實驗結束後做蛋白質定量好標準化實驗數據。

大部分的樣本都可以解剖用剪刀進行微小化,但肌肉組織因為其結構的特殊性,所以建議以剝離的方式分離肌肉束,所以肌肉組織的準備會較耗工。(不建議使用均質機,會大範圍的傷害細胞)2014年,長庚的海馬用戶便搭上卡路里限制飲食的風潮,成功測試中年老鼠肌肉組織能量代謝的轉變。

Late-onset Caloric Restriction Alters Skeletal Muscle Metabolism by Modulating Pyruvate Metabolism;Biogerontology (2014) 15:177–198

從海馬數據可看到沒有限制飲食的中年老鼠,是唯一OCR/ECAR數值降低,表示整體能量代謝從粒線體轉而依賴糖解作用;而這個特徵也伴隨著老鼠肌肉重量的降低,為糖尿病患者的特徵之一。

大部分的組織實驗,樣本進行微小化後即可有效進行基礎代謝偵測。(基礎代謝於海馬儀為basal OCR & basal ECAR,為不進行任何立即注藥的基礎訊號);因為組織樣本於個體生物內有複雜的反應環境,因此對應的實驗設計(疾病模型、運動模型、藥物或食品模型)通常已可有效反應在基礎代謝之上。若已經熟習海馬實驗的研究人員,希望於組織樣本進行廣為人知的Mito Stress Test or Glycolysis Stress Test,所需面對的挑戰便是立即注入的藥物是否能夠有效進入組織樣本。

目前在文獻發表和台灣實際操作,可確認軟組織(例如腦組織、脂肪組織)的藥物進入效率是較佳的,同時也需要較長的反應時間。

圖示為脂肪組織的粒線體壓力測試Redox Biology 2 (2014) 656–660 ,可觀察到偵測初期等待樣本穩定的時間會較長 (Tissue Equilibration),待訊號穩定後才將其納做計算起始點,之後依序注入oligomycin, FCCP, Rot/AA;從圖中可看到FCCP & Rot/AA需要較多的偵測次數。而實際藥物需要的最佳濃度也需要測試,變數來自於組織的類型、樣本數量以及樣本的狀態。若為硬組織如腎臟或心肌組織,藥物進入的效果會更差,可能需要額外的穿膜處理。

若希望進一步標準化組織樣本製備的實驗室,可參考STAR Protocols, doi.org/10.1016/j.xpro.2021.100559此文獻以腦組織為例,分兩階段標準化組織樣本。1. 以切片機進行組織活體切片。2. Punch擷取固定直徑大小的組織塊。如此可確實標準化實驗流程。

斑馬魚樣本亦可藉由islet fluxpaks進行實驗,在早期的文獻便有實驗室測試不同hpf的斑馬魚所需的上機數量,並可得到穩定的實驗數據。PLoS One; 2011 Sep 29. 6 (9):e25652.

斑馬魚樣本可有效評估各式人體疾病模型和環境毒性;若斑馬魚有Glucose Transporter 10的基因缺失,不但在鏡檢有心臟瘀血的特色外,進行海馬實驗其粒線體面對FCCP壓力的能力也會明顯下降。Hum Mol Genet; 2012 Mar 15. 21 (6):1248-59.

以斑馬魚檢測多環芳香烴(PAH)的環境毒性,可有效評估不同化學成分的毒性。doi: 10.1016/j.taap.2013.05.006.

海馬儀可根據樣本類型進行控溫,以斑馬魚胚胎為例,建議控溫在30度;若斑馬魚已非胚胎,和微環境交換氧氣和產酸的效率也會降低,所以若樣本的hpf不同,也需要再優化實驗條件。

除了常見的細胞樣本,海馬生物能量測定儀還可以偵測如組織、斑馬魚等目標;廣泛來說,只要樣本會耗氧或產酸都可以進行偵測,因此諸如細菌、植物組織、線蟲、酵母菌等也都可以偵測。若您對於能量代謝有興趣,都可以參考官方文獻資料庫https://www.agilent.com/search/?N=4294836537,根據您的需求進行關鍵字搜尋,可以在正式海馬實驗前,做為您實驗設計的參考喔。 

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